Ninh Hạ và những vùng phụ cận đã bị sáp nhập vào nhà Tần từ thế kỷ thứ ba TCN. Trải qua các triều đại nhà Hán và nhà Đường đã có thêm nhiều cư dân nơi khác đến đây định cư. Đến thế kỷ XI tộc Đảng Hạng lập ra nhà Tây Hạ ở nơi sau này là phần rìa lãnh thổ của nhà Tống.Về sau vùng này nằm dưới sự thống trị của người Mông Cổ sau khi Thành Cát Tư Hãn đánh chiếm Ngân Xuyên đầu thế kỷ XIII. Từ lúc người Mông Cổ bị đánh đuổi, ảnh hưởng của họ nhạt dần, người Đột Quyết theo đạo Hồi bắt đầu di chuyển dần vào Ninh Hạ từ phía tây. Điều này tạo nên sự căng thẳng không thể tránh khỏi giữa Hán và Hồi trong những thế kỷ sau.

Vào năm 1914, Ninh Hạ hợp nhất với tỉnh Cam Túc; tuy nhiên, đến năm 1928, lại bị tách ra và trở thành một tỉnh riêng. Trong những năm 1914 đến 1918, anh em Tây Bắc Tam Mã thống trị Ninh Hạ (ngoài ra còn có tỉnh Thanh Hải và Cam Túc). Năm 1958, Ninh Hạ chính thức trở thành khu tự trị Trung Quốc. Năm 1969, biên giới Ninh Hạ được mở rộng về phía Bắc chiếm một phần của khu tự trị Nội Mông, nhưng đã dời về như cũ vào năm 1979.